Pada awal pembentukan BPDPL Pulau Sebesi, program yang ada hanya berupa penyadaran masyarakat dalam bentuk sosialisasi, monitoring kawasan DPL dan monitoring terumbu karang. Namun dalam perkembangannya maka program DPL dikelompokkan menjadi tiga starategi penanganan yang saling mendukung yaitu;

1. Perlindungan dan Rehabilitasi Sumber Daya Alam
2. Peningkatan Kapasitas dan Penguatan Kelembagaan
3. Pengembangan Ekonomi

Perlindungan dan rehabilitasi sumberdaya alam dilakukan untuk menjamin kelestarian sumber daya alam untuk mendukung peningkatan kapasitas dan penguatan kelembagaan dan pengembangan ekonomi berkelanjutan. Pemberdayaaan masyarakat dilakukan dengan harapan adanya masyarakat yang memiliki kesadaran untuk perlindungan dan rehabilitasi sumberdaya alam, pola fikir peningkatan ekonomi yang ramah lingkungan, serta peningkatan kapasitas dan penguatan kelembagaan pada generasi selanjutnya. Pengembangan ekonomi diharapkan dapat menjadi program yang mendukung kegiatan perlindungan dan rehabilitasi sumber daya alam, peningkatan kapasitas dan penguatan kelembagaan, dan pengembangan ekonomi selanjutnya (sistem guliran). Ketiga komponen diatas harus dikembangkan dan dikelola secara berkesinambungan. Kurangnya pencapaian target salah satu komponen dari ketiga kegiatan utama diatas akan mempengaruhi keberhasilan dan kesinambungan pembangunan dan Pengelolaan Pulau Sebesi.

1. Kegiatan-kegiatan yang ada dalam program Perlindungan Sumber Daya Alam adalah:
   a. Pengawasan kawasan DPL
   b. Penyadaran masyarakat dalam pertemuan-pertemuan
   c. Rehabilitasi terumbu karang
   d. Monitoring terumbu karang
2. Kegiatan-kegiatan yang ada dalam program Peningkatan Kapasitas dan Penguatan Kelembagaan adalah:
   a. Peningkatan kapasitas dalam bentuk pelatihan-pelatihan
   b. Penguatan kelembagaan dalam bentuk pertemuan reguler
3. Pengambangan Ekonomi merupakan program pengembangan unit usaha dalam kerangka membangun sebuah keberlanjutan pendanaan BPDPL dan peningkatan ekonomi masyarakat. Unit usaha yang dikembangkan di Pulau Sebesi adalah:
   a. Unit usaha budidaya
   b. Unit usaha penangkapan
   c. Unit usaha penampungan dan penjualan